Merge pull request 'Feature/treatment overlays' (#36) from feature/treatment-overlays into feature/insulin-profile

Reviewed-on: #36

.dockerignore

@@ -5,4 +5,6 @@ __pycache__/
 .git/
 .pytest_cache/
 .ruff_cache/
+.coverage
+coverage.xml
 tests/

.gitea/workflows/pipeline.yml

@@ -19,11 +19,21 @@ jobs:
         run: pip install -r requirements.txt
       - name: Lint (ruff)
         run: ruff check .
-      - name: Unit tests (pytest)
-        run: pytest tests/ -v
+      - name: Unit tests + coverage-gate (pytest)
+        # fail_under (pyproject.toml, [tool.coverage.report]) laat deze stap
+        # falen als de dekking op de gemeten modules onder 80% zakt — app.py/
+        # pages/*.py zijn uitgesloten (zie pyproject.toml se coverage-omit),
+        # dat zijn dunne Streamlit-UI-scripts die niet zinvol te unit-testen
+        # zijn zonder een draaiende Streamlit-sessie.
+        run: pytest tests/ -v --cov=. --cov-report=term-missing --cov-report=xml
+      - name: Bewaar coverage-rapport
+        uses: actions/upload-artifact@v4
+        with:
+          name: coverage-report
+          path: coverage.xml
 
   # ---------------------------------------------------------------------
-  # 2. SonarQube — codekwaliteit-gate
+  # 2. SonarQube — codekwaliteit-gate (incl. coverage uit de vorige stap)
   # ---------------------------------------------------------------------
   sonarqube:
     runs-on: ubuntu-latest
@@ -32,6 +42,10 @@ jobs:
       - uses: actions/checkout@v4
         with:
           fetch-depth: 0 # SonarQube wil de volledige git-historie zien
+      - name: Download coverage-rapport
+        uses: actions/download-artifact@v4
+        with:
+          name: coverage-report
       - name: SonarQube scan
         uses: sonarsource/sonarqube-scan-action@v6
         env:

.gitignore

@@ -4,4 +4,6 @@ __pycache__/
 .env
 .pytest_cache/
 .ruff_cache/
+.coverage
+coverage.xml
 homelab-cicd-werkinstructie.md

README.md

@@ -41,3 +41,12 @@ klinische rapportagepagina's (zie `docs/requirements-reporting.md` en
 pytest tests/ -v
 ruff check .
 ```
+
+Coverage (zie `pyproject.toml` se `[tool.coverage.*]`): de CI-pipeline faalt
+als de dekking op de gemeten modules onder 80% zakt (`app.py`/`pages/*.py`
+zijn uitgesloten — dunne Streamlit-UI-scripts, niet zinvol te unit-testen
+zonder een draaiende Streamlit-sessie).
+
+```bash
+pytest tests/ --cov=. --cov-report=term-missing
+```

auth.py

@@ -17,13 +17,18 @@ import os
 import streamlit as st
 
 
-def require_auth() -> None:
+def require_auth() -> None:  # pragma: no cover
     """Blokkeer de pagina totdat het juiste wachtwoord is ingevoerd.
 
     Slaat de status op in st.session_state zodat dit maar één keer per
     browsersessie hoeft. Moet als eerste statement van elke pagina aangeroepen
     worden (app.py en elk bestand in pages/), omdat Streamlit iedere pagina
     als los script uitvoert.
+
+    Pure Streamlit-widget-orkestratie (st.text_input/st.session_state/
+    st.rerun) — buiten scope van de unit-testdekking net als pages/*.py,
+    zie pyproject.toml se coverage-omit-lijst. De veiligheidsrelevante
+    logica zelf (verify_password()) is wel volledig getest.
     """
     if st.session_state.get("authenticated"):
         return

pyproject.toml

@@ -1,2 +1,15 @@
 [tool.pytest.ini_options]
 pythonpath = ["."]
+
+[tool.coverage.run]
+# app.py en pages/*.py zijn dunne Streamlit-UI-scripts (net als de
+# functies in ui_common.py/auth.py die zelf al met "# pragma: no cover"
+# gemarkeerd zijn) — niet zinvol te unit-testen zonder een draaiende
+# Streamlit-sessie, en buiten scope van de coverage-eis. De logica die ze
+# aanroepen (reporting.py, nightscout_client.py, data_processing.py,
+# pdf_export.py, profile_data.py, ui_common.py) wordt wél volledig gemeten.
+omit = ["app.py", "pages/*", "tests/*", ".venv/*"]
+
+[tool.coverage.report]
+fail_under = 80
+show_missing = true

requirements.txt

@@ -6,4 +6,5 @@ python-dotenv>=1.0,<2.0
 matplotlib>=3.9,<4.0
 fpdf2>=2.7,<3.0
 pytest>=8.0,<9.0
+pytest-cov>=5.0,<6.0
 ruff>=0.6,<1.0

sonar-project.properties

@@ -4,3 +4,4 @@ sonar.sources=.
 sonar.exclusions=data/**,tests/**
 sonar.tests=tests
 sonar.python.version=3.12
+sonar.python.coverage.reportPaths=coverage.xml

tests/test_ui_common.py

@@ -1,5 +1,8 @@
+from types import SimpleNamespace
+
 import pandas as pd
 import plotly.graph_objects as go
+import streamlit as st
 
 from ui_common import (
     PALETTE,
@@ -10,10 +13,26 @@ from ui_common import (
     add_target_line_trace,
     add_threshold_lines,
     build_tir_stacked_bar_figure,
+    get_colors,
     hex_to_rgba,
 )
 
 
+def test_get_colors_returns_dark_palette_when_theme_is_dark(monkeypatch):
+    monkeypatch.setattr(st, "context", SimpleNamespace(theme=SimpleNamespace(type="dark")))
+    assert get_colors() == PALETTE["dark"]
+
+
+def test_get_colors_returns_light_palette_when_theme_is_light(monkeypatch):
+    monkeypatch.setattr(st, "context", SimpleNamespace(theme=SimpleNamespace(type="light")))
+    assert get_colors() == PALETTE["light"]
+
+
+def test_get_colors_falls_back_to_light_when_theme_context_unavailable(monkeypatch):
+    monkeypatch.setattr(st, "context", SimpleNamespace())  # geen .theme-attribuut
+    assert get_colors() == PALETTE["light"]
+
+
 def test_hex_to_rgba_converts_correctly():
     assert hex_to_rgba("#2a78d6", 0.3) == "rgba(42,120,214,0.3)"
 
@@ -55,12 +74,34 @@ def test_add_basal_area_trace_adds_one_filled_step_trace():
     assert fig.data[0].line.shape == "hv"
 
 
+def test_add_basal_area_trace_supports_secondary_y_on_a_subplot_figure():
+    from plotly.subplots import make_subplots
+
+    basal = pd.DataFrame(
+        {"timestamp": pd.to_datetime(["2026-01-01 00:00", "2026-01-01 06:00"]), "rate": [0.8, 1.2]}
+    )
+    fig = make_subplots(specs=[[{"secondary_y": True}]])
+    add_basal_area_trace(fig, basal, PALETTE["light"], row=1, secondary_y=True)
+    assert len(fig.data) == 1
+    assert fig.data[0].yaxis == "y2"
+
+
 def test_add_basal_area_trace_skips_empty_input():
     fig = go.Figure()
     add_basal_area_trace(fig, pd.DataFrame(columns=["timestamp", "rate"]), PALETTE["light"])
     assert len(fig.data) == 0
 
 
+def test_add_carb_bars_trace_supports_secondary_y_on_a_subplot_figure():
+    from plotly.subplots import make_subplots
+
+    carbs = pd.DataFrame({"timestamp": pd.to_datetime(["2026-01-01 08:00"]), "carbs": [40.0]})
+    fig = make_subplots(specs=[[{"secondary_y": True}]])
+    add_carb_bars_trace(fig, carbs, PALETTE["light"], row=1, secondary_y=True)
+    assert len(fig.data) == 1
+    assert fig.data[0].yaxis == "y2"
+
+
 def test_add_carb_bars_trace_adds_one_bar_trace():
     carbs = pd.DataFrame({"timestamp": pd.to_datetime(["2026-01-01 08:00"]), "carbs": [40.0]})
     fig = go.Figure()
@@ -70,6 +111,12 @@ def test_add_carb_bars_trace_adds_one_bar_trace():
     assert isinstance(fig.data[0], go.Bar)
 
 
+def test_add_carb_bars_trace_skips_empty_input():
+    fig = go.Figure()
+    add_carb_bars_trace(fig, pd.DataFrame(columns=["timestamp", "carbs"]), PALETTE["light"])
+    assert len(fig.data) == 0
+
+
 def test_add_bolus_marker_traces_adds_one_trace_per_category_present():
     bolus = pd.DataFrame(
         {

ui_common.py

@@ -118,8 +118,12 @@ def get_colors() -> dict:
     return PALETTE["dark" if theme_type == "dark" else "light"]
 
 
-def select_period_days(default_label: str) -> tuple[date, date, int]:
-    """Periodekiezer voor rapportagepagina's; geeft (start, eind, aantal_dagen) terug."""
+def select_period_days(default_label: str) -> tuple[date, date, int]:  # pragma: no cover
+    """Periodekiezer voor rapportagepagina's; geeft (start, eind, aantal_dagen) terug.
+
+    Pure Streamlit-widget-orkestratie (st.radio) — buiten scope van de
+    unit-testdekking net als pages/*.py, zie pyproject.toml se coverage-omit-lijst.
+    """
     labels = list(PERIOD_OPTIONS_DAYS.keys())
     label = st.radio("Periode", labels, index=labels.index(default_label), horizontal=True)
     days = PERIOD_OPTIONS_DAYS[label]
@@ -129,11 +133,15 @@ def select_period_days(default_label: str) -> tuple[date, date, int]:
 
 
 @st.cache_data(ttl=3600, show_spinner="Data ophalen van Nightscout...")
-def load_range_data(start: date, end: date):
+def load_range_data(start: date, end: date):  # pragma: no cover
     """Gecachete Nightscout-fetch voor een vaste periode.
 
     Lange TTL (in tegenstelling tot de 60s van de live-pagina): historische
     data van een afgeronde periode verandert niet.
+
+    Dunne st.cache_data-wrapper rond al-geteste fetch_entries_range()/
+    fetch_treatments_range() — buiten scope van de unit-testdekking net als
+    pages/*.py, zie pyproject.toml se coverage-omit-lijst.
     """
     glucose = fetch_entries_range(start, end)
     treatments = fetch_treatments_range(start, end)
@@ -141,10 +149,14 @@ def load_range_data(start: date, end: date):
 
 
 @st.cache_data(ttl=21600, show_spinner="Profiel ophalen van Nightscout...")
-def load_profile() -> dict:
+def load_profile() -> dict:  # pragma: no cover
     """Gecachete profiel-fetch. Langere TTL dan load_range_data (6 uur i.p.v.
     1 uur): een pompprofiel wijzigt zelden, in tegenstelling tot glucose-/
-    behandeldata van een lopende periode."""
+    behandeldata van een lopende periode.
+
+    Dunne st.cache_data-wrapper rond al-geteste fetch_profile()/parse_profile()
+    — buiten scope van de unit-testdekking net als pages/*.py.
+    """
     raw = fetch_profile()
     return parse_profile(raw)
 
@@ -363,19 +375,21 @@ def add_target_line_trace(
     )
 
 
-def render_completeness_warning(glucose: pd.DataFrame, start: date, end: date) -> None:
+def render_completeness_warning(glucose: pd.DataFrame, start: date, end: date) -> None:  # pragma: no cover
     """Toon reporting.completeness_warning()'s oordeel als st.warning, indien nodig.
 
     Gebruikt door elke rapportagepagina, direct na de load_range_data-call.
-    De beoordelingslogica zelf staat in reporting.py (pure functie) zodat het
-    PDF-rapport (pdf_export.py) exact dezelfde disclaimer kan hergebruiken.
+    De beoordelingslogica zelf staat in reporting.py (pure functie, wél volledig
+    getest) zodat het PDF-rapport (pdf_export.py) exact dezelfde disclaimer kan
+    hergebruiken. Deze functie is alleen de st.warning-weergave — buiten scope
+    van de unit-testdekking net als pages/*.py.
     """
     message = completeness_warning(glucose, start, end)
     if message:
         st.warning(message)
 
 
-def render_event_level(
+def render_event_level(  # pragma: no cover
     glucose: pd.DataFrame,
     threshold: float,
     direction: str,
@@ -386,7 +400,10 @@ def render_event_level(
     """Render de metrics/tabel/tijdstip-histogram voor één hypo-/hyperniveau.
 
     Gedeeld tussen de Hypo Events- en Hyper Events-pagina's (FR5/FR6), die
-    elk twee niveaus (Level 1/Level 2) op dezelfde manier tonen.
+    elk twee niveaus (Level 1/Level 2) op dezelfde manier tonen. Pure
+    Streamlit-widget-weergave rond al-geteste reporting.detect_events()/
+    summarize_events() — buiten scope van de unit-testdekking net als
+    pages/*.py.
     """
     events = detect_events(glucose, threshold, direction)
     summary = summarize_events(events, period_days)